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    科学家研究实现单细胞转录组的空间映照

    日期:2022-04-07 来历:本站 供稿:医药生物技能处 作者:治理员 种别:译文

    单细胞RNA测序要领可以剖析单细胞的转录组表达,但不克不及生存空间信息。相反,空间转录组学可以检测剖析构造切片中的空间区域,但不具有单细胞分辩率。美国德克萨斯年夜学研究团队提出一种计较要领,展现构造中单细胞转录组的空间成果。该研究近日发表于《Nature Biotechnology》上,题为:Spatialcharting of single-cell transcriptomes in tissues。 研究职员开发了一个名为细胞跋涉(CellTrek)的计较要领。这类要领联合了单细胞RNA测序及空间转录组学两个数据集,经由过程共嵌入及器量进修要领实现单细胞的空间映照。研究职员利用模仿及原位杂交数据对于细胞跋涉举行了基准测试,证实了其正确性及不变性。然后他们将细胞跋涉运用在现有的小鼠年夜脑及肾脏数据集,发明细胞跋涉可以检测到差别细胞类型及细胞状况。研究职员进一步对于两个乳腺导管原位癌构造举行了单细胞RNA测序及空间转录组学试验,并将这些数据运用在细胞跋涉,成果注解细胞跋涉可以辨认差别导管的肿瘤亚克隆细胞类型,以和临近肿瘤区域的特定T细胞状况。 综上所述,细胞跋涉可以正确地绘制差别构造类型中的单细胞,并以此解决其空间构造问题。细胞跋涉也能够将单细胞映照到它们于构造中的空间坐标。 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41587-0凤凰彩票官网22-01233-1 注:此研究结果摘自《NatureBiotechnology》杂志,文章内容不代表本网站不雅点及态度,仅供参考。-酷游官网-

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